《元气少女缘结神第二季》讲述女主角桃园奈奈生因好赌而欠债的父亲不知去向，被讨债的人赶出了家。在走投无路之时，她帮助了一位被狗追的懦怯的男人，得知她的遭遇后神秘的男人说出了「我把我的家转让给你吧。」这样出奇的话。 无家可归的奈奈生虽然半信半疑，但还是前往了男人所说的住所到了那儿发现那是一间荒废的神社。 那懦怯的男人的正体正是离家出走的土地神。作为神社转让的代价，奈奈生开始了当土地神的新生活。