《来自深渊第二季》讲述改编自つくしあきひと原作漫画。在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境大洞穴阿比斯。不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，栖息着奇妙奇怪的生物们，沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。阿比斯那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了探窟家的名号。 住在建造于深渊边缘的城镇奥斯的孤儿莉可，梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开深渊的谜团。这样的某一天，莉可在探索深渊的途中，捡到了有着少年样貌的机器人？