《黑之契约者第二季》讲述十年前，东京出现了一个不能解释的领域。从那片领域走出的人获得了一种特殊的超能力可以随意夺取他们的性命。却如恶魔般从此失去了梦与心。那片神秘的区域被叫做地狱门，而那些因此获取超能力的人被叫做契约者。美国的CIA，英国的MI6，日本的警视厅统统对神秘的地狱门进行了调查研究，甚至那个庞大的神秘组织潘多拉也开展行动，妄图消灭契约者们。知道真相的契约者们则团结在一起进行对抗。而另一方面，有着黑之死神之名的黑（木内秀信 配音）接受命令执行着组织的任务，同时也一直在寻找5年前失踪的妹妹。在执行任务的过程中黑偶遇之前的恋人琥珀（川上伦子 配音），发现眼前此人似乎隐藏着一些不为人知的秘密。